En primer lugar el modelo CAD debe estar disponible, todos los programas CAD tiene su propio formato, sin embargo, sólo el formato STEP pueden ser leído por todos los programas. La geometría debe estar compuesta de volúmenes, y en el caso de estar compuesta de superficies, tendrá que ser regenerada.
El modelo de cálculo de flujo puede incluir la geometría en CAD completa o sólo parte de ella. El problema CFD debe ser, al menos al principio, muy simplificado con el fin de asegurarse el llegar a una solución. Después de eso, se puede configurar el cálculo final de forma precisa. Sólo los cálculos finales se deben ejecutar y documentar con un número mas alto de celdas
Después de que la malla de cálculo ha sido generada, el cálculo se puede configurar desde el programa de CFD. Las condiciones de frontera deben de ser dadas, sobre todo el flujo de entrada de masa o la presión de entrada. El Software FloEFD ofrece la posibilidad de introducir las características del ventilador de entrada. Si se calcula también la transferencia de calor, entonces las fuentes de calor o las temperaturas fijas también deben de introducirse.
Para la simulación de una región de rotación, solo es necesaria la definición de la región y de la velocidad de rotación. El programa añadirá términos de origen en las ecuaciones de movimiento con el fin de tener en cuenta los efectos de la fuerza de Coriolis y de las fuerzas centrífugas.
Ahora, los materiales, los parámetros numéricos y los criterios de convergencia pueden ser definidos y puede iniciarse el cálculo.
El cálculo es convergente cuando se alcanza la conservación de la masa y de la energía y cuando los valores de presión y velocidad no cambian apenas con los siguientes pasos de iteración. Si existen dificultades para la convergencia, sólo un ingeniero experimentado en CFD conoce qué se puede hacer. Por ejemplo, los parámetros numéricos definidos de las herramientas de cálculo pueden cambiar. Dando parámetros de orden inferior se facilita y se acelera la consecución de una solución convergente, sin embargo esto produce una propagación global no física de los resultados.